События нашей игры выпали на Времена трех Легендарных Саннинов - Джирайи, Цунаде и Орочимару. Жить нашим героям предстоит в сложное время - военное время. Здесь каждая страна хотела своего: одни хотели мира, другие - власти, третьи - независимости.

Сама Коноха пошла по пути союзов и договоров, проводя множество спасательных миссий, одной из которых была миссия в уничтоженную Страну Водоворотов. Сейчас Коноха старается заключать союзы с ближайшими, а так же более мелкими странами, укрепляя тем самым свои позиции, поэтому шиноби Листа появляются то тут, то там с разными миссиями.

Но война не единственное, что было в сердцах людей. Молодые шиноби хотели не только сражаться за свою страну, но и любить и быть любимыми, достигать все более высоких результатов, исследовать и создавать, отдыхать и развлекаться. Каждый хотел хоть немного пожить нормальной жизнью, однако каждый был бдителен и готов к бою.